A „karantén” szó az olasz quarantina szóból ered, ami azt jelenti: „negyven”. Ez a fogalom a 14. századból, a pestisjárvány idejéből származik, amikor Velencében negyven napra elkülönítették azokat, akik fertőzött területről érkeztek.
A középkorban, amikor a pestis – vagyis a „fekete halál” – súlyosan pusztított Európában, a védekezés egyik módja az volt, hogy a hajókon érkezőket elkülönítették. Bár a betegség lappangási ideje csak nagyjából tíz nap volt, Velencében elővigyázatosságból negyven napra különítették el a pestisgyanús utasokat vagy árukat. Így próbálták megelőzni a fertőzés terjedését.
A karantén szó tehát innen ered: a negyven napos várakoztatásból, amit az olasz quarantina (’negyvenes’) szóval jelöltek. A módszer idővel elterjedt más országokban is, és a 17–18. századtól kezdve már állami, központi szabályozás mellett alkalmazták.
Érdekesség: amikor 1630-ban újabb súlyos pestisjárvány tört ki Velencében, a város lakosságának közel kétharmada meghalt. A túlélők hálából templomot építtettek a Szűzanyának: ez lett a híres Santa Maria Della Salute templom, amelyet a „pestis megszűnésének” emlékére emeltek.